Virus- und Wirtszellproteine stehen während einer Infektion miteinander in einer Reihe von molekularen Wechselwirkungen. Dieses Virus-Wirt-Interaktom ist für jedes Virus und jede Wirtsart einzigartig. Viele Wirtszellfaktoren werden während einer Infektion zur Virusausbreitung ausgenutzt. Gleichzeitig werden antivirale Faktoren induziert, die auf verschiedene virale Proteine wirken und die Virusproduktion unterdrücken. Dieses Projekt zielt darauf ab, neue Faktoren zu identifizieren, die die Ausbreitung von zwei pathogenen Viren entweder fördern oder unterdrücken: das Gelbfiebervirus (YFV) und das Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Um dies zu erreichen verwenden wir aus Zielgewebe dieser Viren - menschliche Leber und Lunge sowie Fledermauslunge - extrahierte mRNAs. Diese mRNAPools werden in lentivirale Vektoren kloniert, um komplementäre DNA (cDNA)-libraries zu erstellen, die einen gewebespezifischen Pool von Proteinen kodieren. Diese cDNA-libraries werden in ausgewählte Zelllinien transduziert, und der Pool der eingeschleusten Gene exprimiert mRNAs und Proteine, die durch Gesamt-RNA-Sequenzierung quantifiziert werden. Die veränderten Zelllinien werden dann für „loss-offunction“- oder „gain-of-function“-Screening unter der Verwendung von lebendem YFV und SARS-CoV-2 genutzt. Nach dem Screening werden überlebende Zellen in Bezug auf eine Zunahme oder Verringerung der Virusinfektionsraten bewertet. Wird eine Veränderung festgestellt, können die verantwortlichen Faktoren durch RNA-Sequenzierung identifiziert werden, indem die Häufigkeiten aller von der Library gelieferten Genprodukte in der Zellpopulation vor und nach dem Screening verglichen werden. Ziel dieses Projektes ist es, menschliche Faktoren zu identifizieren, die die Virusausbreitung erleichtern und therapeutische Ziele darstellen könnten. Außerdem wollen wir Faktoren von Mensch und Fledermaus identifizieren, die infektionsinduziertes Krankheitsgeschehen verhindern.
Kontakt
Dr. Richard J P Brown
Group Leader, Department of Veterinary Medicine
Paul-Ehrlich-Institut
Federal Institute for Vaccines and Biomedicines
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63225 Langen
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