Im Querschnittsprojekt PBA-Zoo stand der Aufbau einer interdisziplinären Bioinformatikplattform zur sequenzbasierten Funktions- und Phylogenieanalyse zoonotischer Erreger im Mittelpunkt.
Die Typisierung von Zoonose-Erregern ist neben der Erfassung epidemiologischer Daten essentiell, um sowohl zeitlich und räumlich begrenzte Infektionsgeschehen (z. B. Ausbrüche) als auch längerfristige Entwicklungstrends von Infektionserregern (z. B. Pathoadaptation von Erregern) genauer zu charakterisieren und spezifischer vorherzusagen. Der große Vorteil von DNA-sequenzbasierten Typisierungsverfahren liegt darin, dass die Bestimmung des universellen genetischen Kodes in Form von nur vier verschiedenen Nukleotiden („ACGT“) erfolgt, woraus eine nicht zu übertreffende Reproduzierbarkeit und Genauigkeit resultiert.
Unter der Leitung von Prof. Dr. Dr. Helge Karch, (Institut für Hygiene, Universität Münster), Prof. Dr. Dag Harmsen (Polyklinik für Parodontologie, Universitätsklinikum Münster) und Dr. Alexander Mellmann (Institut für Hygiene, Universität Münster) hatte das Querschnittsprojekts „Phylogenie, Bioinformatik und Amplikon-Analyse von Zoonose-Erregern“ (PBA-Zoo) die Aufgabe, sequenzbasierte Typisierungsaktivitäten von Zoonose-Erregern durchzuführen und zu bündeln.
Durch die verbundübergreifende Typisierung und Charakterisierung der Zoonose-Erreger und die Analyse mit funktions- und phylogenieorientierten Werkzeugen wurde die Bearbeitung interdisziplinärer Fragestellungen sowie eine wissenschaftlich fundierte Risikoabschätzung des pathogenen Potenzials der Erreger ermöglicht. Im Rahmen des Projektes wurden für junge Wissenschaftler drei Workshops zum Erlernen der Hochdurchsatz-Sequenziertechnik angeboten und durchgeführt.
Das PBA-Zoo-Resequenzierungszentrum ist mit einer eigenen Internetpräsenz vertreten.
Koordinator: Prof. Dr. Dr. h. c. Helge Karch (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo, Leiter des Nationalen Kosiliarlaboratoriums für Hämolytisch-Urämisches Syndrom (HUS))
Mitantragsteller: Prof. Dr. Dag Harmsen (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo), Dr. Alexander Mellmann (Universität Münster, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo)
Kooperationspartner:
Dr. P. Grüning (Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover, Projektpartner im BMBF-Verbund FBI-Zoo)
Prof. Dr. S. Ludwig (Universität Münster, Koordinator des BMBF-Verbunds FluResearchNet, Standortleiter und Koordinator der Nationalen Forschungsplattform für Zoonosen)
Dr. G. Schares (Friedrich-Loeffler-Institut, Wusterhausen)
Prof. Dr. H. Schmidt (Universität Hohenheim, Projektpartner des BMBF-Verbunds FBI-Zoo)
Prof. Dr. L. H. Wieler (Freie Universität Berlin, Fachbereich Veterinärmedizin, Koordinator des BMBF-Verbunds FBI-Zoo)
PD Dr. U. Dobrint (Univerität Würzburg)
Prof. Dr. G. Gerlach (IVD GmbH Hannover)
Start der zweiten Förderphase: 01.01.2011
Projektdauer: 24 Monate
